Organisasi ini lahir pada tahun 1988 oleh sekelompok dokter dari berbagai disiplin ilmu kedokteran, sebagai lembaga profesi dokter yang memiliki peminatan dalam bidang kesehatan kerja. Sasaran utama organisasi adalah untuk mengembangkan profesi dokter perusahaan dalam memberikan layanan primer fokus pada upaya promotif-preventif selain terapi dan rehabilitasi. Merupakan salah satu organisasi dokter di bawah naungan IDI yg diterima dalam rumpun KDI (Kolegium Dokter Indonesia). Organisasi ini bersifat non profit dan mempunyai Tujuan Utama yaitu berkontribusi dalam meningkatkan daya saing perusahaan dan bangsa dari sisi kesehatan melalui peningkatan kompetensi dokter kesehatan kerja.

Melalui Kongres Nasional (KONAS) 2010 telah diusung revitalisasi organisasi IDKI, diawali dengan reformasi tata kelola Pengurus Pusat (PP) IDKI dg struktur organisasi yang lebih menekankan kepada fungsi untuk merespon current issues yang berkembang. PP IDKI bersama pemerintah dan stake holder terkait telah menyusun SKKNI Dokter Kesehatan Kerja, yang telah disahkan melalui Keputusan Menakertrans No.KEP.121/Men/VII/2010 pada 6 Juli 2010